دکتر مهدی ابوطالبی در حال حاضر، عضو هیأت علمی و معاون پژوهش موسسه امام خمینی (ره) و رییس کمیته تاریخ وانقلاب اسلامی دبیرخانه طرحهای پژوهشی معاونت پژوهش حوزه، قائم مقام مدير گروه تاريخ انديشه معاصر پژوهشگاه المصطفي، عضو هیأت تحریریه مجله علمی پژوهشی تبلیغ معاونت تبلیغ حوزه می باشد. ایشان سمت هایی نظیر مدير گروه انقلاب اسلامي، پژوهشگاه المصطفي، مدیر تحصیلات تکمیلی موسسه آموزشی امام خمینی (ره)، مدیر مرکز آموزش اندیشه های بنیادین (طرح ولایت)، دبير پژوهشي گروه تاريخ انديشه معاصر، عضو شوراي علمي گروه علوم سياسي مؤسسه امام خميني (ره)، عضو شوراي علمي گروه انديشه جوان پژوهشگاه فرهنگ و انديشه اسلامي، عضو شوراي علمي گروه تاريخ انديشه معاصر مؤسسه امام خميني (ره)، عضو کميته علمي همايش فقه حکومتي، عضو کميته علمي جشنواره بين المللي شيخ طوسي، دبير تحريريه فصلنامه مطالعات انقلاب اسلامي، عضويت در گروه پژوهشي تاريخ و انديشه معاصر مؤسسه امام خميني (ره)، عضويت در گروه پژوهشي تاريخ مشروطيت مؤسسه امام خميني (ره)، عضويت در گروه پژوهشي مردم‌سالاري ديني مؤسسه امام خميني (ره) از 1386 تا 1387 نیز بر عهده داشته است.

افزون بر این، دبير همايشهاي علمي نظیر ولايت و فقاهت از نهضت تنباکو تا انقلاب اسلامي، جريان‌شناسي تاريخ معاصر ايران، جريان‌شناسي فراماسونري در تاريخ معاصر ايران، بزرگداشت استاد علي ابوالحسني (منذر)، استاد مطهري و جريان‌هاي انحرافي و التقاطي و نقد کتاب غرب شناسي علماي شيعه، نیز بر عهده داشته اند.