موسسه امام خمینی(ره) هم اکنون یکی از بزرگ­ترین و با نفوذترین موسسات آموزشی- پژوهشی کشور و اصلی­ ترین میراث علمی و شخصیتی آیت‌ﷲ مصباح یزدی (ره) است. سیر شکل­ گیری موسسه امام خمینی(ره) به عنوان یکی از مهم­ ترین و گسترده­ ترین پایگاه های علوم انسانی-اسلامی کشور، بدین شرح است: فعالیت­ های موسسه با تأسیس بخش آموزش «موسسه در راه حق» پیش از انقلاب شکل گرفت. با پیروزی انقلاب اسلامی و در همان سال‌های نخست به صورت «بنیاد فرهنگی باقرالعلوم(ع)» درآمد. پس از آن، در سال ۱۳۷۴ بـا عـنايت‌هـا و حمايت‌هاي بي‌دريغ حضرت آيت‌الله العظمی امام خامنه‌اي «مدظله‌العالي» این بنیاد به سطح یک مرکز دانشگاهی رسمی ارتقاء یافت و نام خود را به «موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی» تغییر داد. این موسسه با هدف تربیت نیروی انسانی آگاه به معارف اسلامی و مسائل زمان حاضر و مقابله با گرایش­ های انحرافی، ایجاد شده است. با دستور امام خميني (ره) زمین ساختمان موسسه از موقوفات آستانه مقدس تأمین گردید. چندماه پس از انتخاب رهبر معظم انقلاب، ایشان دستور انتقال این زمین به موسسه را صادر و هزینۀ ساخت این موسسه را برعهده گرفتند.

رسميت مؤسسة آموزشي و پژوهشي امام خميني(ره) در نظام آموزش عالي از سوي شوراي عالي انقلاب فرهنگي در تاريخ 1374/04/20 به وزارت علوم، تحقيقات و فناوري ابلاغ شده و هم‌اكنون در سطوح كارشناسي، كارشناسي ارشد و دكتري، در رشته‌هاي مختلف علوم اسلامي و انساني پذيراي دانش‏پژوهان است. پس از رحلت آیت‌ﷲ مصباح یزدی (ره)، طي حكمي از طرف "مقام معظم رهبري «مدظله‌العالي» " در تاريخ 1399/11/19، حضرت آيت‌الله رجبي ملقب به « خلف مصباح»، به رياست مؤسسه آموزشي و پژوهشي امام خميني(ره) منصوب گشتند. این موسسه دارای بیش از 16 رشته و گروه علمی در سه مقطع کارشناسی، ارشد و دکتری به طلاب دارای گواهی پایان سطح ۲ حوزه‌های علمیه که در آزمون ورودی مؤسسه موفق گردند علوم انسانی و اسلامی را آموزش می‌دهد.

" تبدیل دانشگاه سیدجمال الدین اسدآبادی به قطب علوم انسانی – اسلامی غرب کشور"، راهبرد اساسی این دانشگاه در دیپلماسی علمی به عنوان یکی از اولویت های مهم وزارت علوم، تحقیقات و فناوری مبنی بر «مرجعیت و دیپلماسی علمی» است. برای تحقق این هدف، گام بلندی برداشته شد. در این راستا، دانشگاه سیدجمال الدین اسدآبادی در روز پنجشنبه مورخ 1402/05/19 با موسسه امام خمینی تفاهم نامۀ همکاری امضا نمود. این تفاهم نامه همکاری بین آقای دکتر صادق خزل پور رئیس دانشگاه و حضرت آیت الله محمود رجبی رئیس موسسه امام(ره) به امضا رسید. مهم ترین محورهای این تفاهم نامه عبارت اند از: کاربست نظریه های امامین انقلاب در خصوص موضوعات اجتماعی، فرهنگی، اقتصادی، سیاسی و تربیتی کشور؛ تدوین راهبردها و سناریوهای تحقق سوگیری علوم انسانی به سمت علوم اسلامی؛ گفتمان سازی با مجامع علمی آموزشی و تولید علوم اسلامی؛ کاربردی‌سازی و تقویت ایده‌پردازی در علوم انسانی و اسلامی؛ استفاده از فضای اندیشه‌ای در تربیت انسان‌های متعهد، کارآمد و متخصصی؛ برگزاری دوره‌ها و اردوهای مشترک فرهنگی به منظور انتقال فرهنگ و تمدن ایرانی اسلامی به دانشجویان و...